香港警民冲突不断激化，连带港铁也受到影响。港铁周四表示，港铁红磡站周四早上两度遭人丢掷燃烧物，导致一辆正从红磡站开出的列车受阻，另外则有14个车站周四关闭。

据报道，港铁除了机场快线以外的各条路线、轻铁及港铁巴士的服务于晚上10时结束，周四港铁有14个车站关闭，分别为沙田站、火炭站、大学站、大埔墟站、太和站、粉岭站、上水站、落马洲站、罗湖站、 东涌站、旺角站、将军澳站、西湾河站、屯门站。港铁东铁线周四只维持来往红磡站至大围站之间的列车服务，视周四路面情况再决定是否能提供来往大围至罗湖、落马洲的免费接驳巴士。

另外，将军澳站周三关闭后遭人闯入破坏，该站出口有铁皮被人撬开，站内则有多块砖头。而由于站内有许多小水滩，港铁怀疑站内曾经起火。